Thủ tướng Phạm Minh Chính - Trưởng Ban Chỉ đạo (BCĐ) của Chính phủ về phát triển KHCN, đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số và Đề án 06 đã ký Quyết định ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động của BCĐ này. 
Nguyên tắc làm việc của BCĐ
Theo Quyết định số 96/QĐ-BCĐCP, BCĐ làm việc theo nguyên tắc tập trung dân chủ, tập thể thảo luận, Trưởng BCĐ kết luận để triển khai thực hiện.
BCĐ và thành viên BCĐ, các Tổ công tác và thành viên Tổ công tác đề cao trách nhiệm cá nhân của các thành viên BCĐ trong hoạt động và trong thực hiện chức trách, nhiệm vụ được phân công; giải quyết công việc theo đúng thẩm quyền và trách nhiệm được phân công, đúng trình tự, thủ tục theo quy định của pháp luật và quy định của Quy chế này.
Các thành viên BCĐ chủ động chỉ đạo thực hiện nhiệm vụ theo chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn được giao; bảo đảm yêu cầu phối hợp công tác, trao đổi thông tin trong giải quyết các nhiệm vụ được giao.
BCĐ làm việc theo các hình thức: Tổ chức phiên họp định kỳ; họp đột xuất; tổ chức hội nghị, hội thảo; cho ý kiến bằng văn bản; tổ chức đoàn kiểm tra, giám sát.
Nhiệm vụ, quyền hạn chung của các Tổ công tác
Quy chế nêu rõ nhiệm vụ, quyền hạn chung của các Tổ công tác của BCĐ.
Theo đó, các Tổ công tác có nhiệm vụ ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động của Tổ công tác và chỉ định Cơ quan thường trực của Tổ công tác; kiện toàn các thành viên Tổ công tác khi có sự thay đổi hoặc trong trường hợp cần thiết; bảo đảm các điều kiện cần thiết cho hoạt động của Tổ công tác và sử dụng con dấu của cơ quan mình cho hoạt động của Tổ công tác.
Triển khai thực hiện các ý kiến chỉ đạo, kết luận của Trưởng BCĐ liên quan đến chức năng, nhiệm vụ được giao; kịp thời báo cáo những vấn đề phát sinh trong quá trình triển khai nhiệm vụ được giao và đề xuất sáng kiến, giải pháp tháo gỡ vướng mắc, khó khăn thông qua Cơ quan thường trực của BCĐ.
Các Tổ công tác được huy động các chuyên gia tư vấn trong và ngoài nước để thực hiện nhiệm vụ trong trường hợp cần thiết. Chịu trách nhiệm về bảo vệ bí mật nhà nước khi các chuyên gia làm việc và thực hiện các nhiệm vụ khác do Trưởng BCĐ phân công.
Các Tổ công tác gồm: Tổ Công tác về phát triển khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số; Tổ Công tác triển khai Đề án 06, cải cách thủ tục hành chính, chuyển đổi số gắn với Đề án 06; Tổ Công tác cải cách hành chính.
Nhiệm vụ, quyền hạn của Cơ quan thường trực của BCĐ
Bộ KH&CN làm nhiệm vụ Cơ quan thường trực của BCĐ, có nhiệm vụ xây dựng, trình Trưởng BCĐ phê duyệt Quy chế tổ chức và hoạt động của BCĐ; xây dựng quyết định bổ sung, thay thế thành viên BCĐ theo chỉ đạo của Trưởng BCĐ; xây dựng, trình Trưởng BCĐ ban hành chương trình, kế hoạch công tác, kiểm tra, giám sát hằng năm của BCĐ và theo dõi, đôn đốc việc tổ chức thực hiện.
Chủ trì, phối hợp với các Tổ công tác giúp việc BCĐ tổng hợp, chuẩn bị nội dung, tài liệu phục vụ các hoạt động và cuộc họp của BCĐ. Báo cáo tình hình thực hiện các chương trình, kế hoạch của BCĐ và các kết luận, chỉ đạo của Trưởng BCĐ, các Phó trưởng BCĐ.
Trực tiếp làm việc và đề nghị các Bộ, ngành, địa phương phối hợp cung cấp các thông tin cần thiết phục vụ cho hoạt động của BCĐ và báo cáo, tham mưu BCĐ đề nghị cấp có thẩm quyền biểu dương, khen thưởng các tập thể, cá nhân có thành tích xuất sắc trong thực hiện nhiệm vụ theo quy định của pháp luật về thi đua, khen thưởng.
Cơ quan thường trực của BCĐ có nhiệm vụ lưu giữ hồ sơ tài liệu liên quan đến hoạt động của BCĐ; bảo đảm các điều kiện cần thiết cho hoạt động của BCĐ và thực hiện các nhiệm vụ khác do Trưởng BCĐ, Phó trưởng BCĐ phân công.
Các thành viên BCĐ và các Tổ công tác làm việc theo chế độ kiêm nhiệm. Trưởng BCĐ, các Phó trưởng BCĐ là lãnh đạo Chính phủ sử dụng con dấu của Thủ tướng Chính phủ, các thành viên khác sử dụng con dấu của cơ quan mình.
