Theo Quyết định số 360/QĐ-TTg, ông Lê Thành Long - Phó Thủ tướng Chính phủ, giữ chức Trưởng Ban Chỉ đạo. Phó Trưởng Ban Chỉ đạo là Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Các thành viên Ban Chỉ đạo gồm lãnh đạo các bộ, ngành liên quan như: Thứ trưởng Thường trực Bộ Giáo dục và Đào tạo Phạm Ngọc Thưởng; Thứ trưởng Bộ Tài chính Nguyễn Thị Bích Ngọc; Thứ trưởng Bộ Xây dựng Nguyễn Tường Văn; Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường Võ Văn Hưng; Thứ trưởng Bộ Dân tộc và Tôn giáo Y Vinh Tơr; cùng Chủ tịch UBND các tỉnh, thành phố biên giới đất liền như Tuyên Quang, Cao Bằng, Lai Châu, Lào Cai, Điện Biên, Lạng Sơn, Sơn La, Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Ninh, Quảng Trị, Huế, Đà Nẵng, Quảng Ngãi, Gia Lai, Đắk Lắk, Lâm Đồng, Đồng Nai, Đồng Tháp, Tây Ninh và An Giang.
Ban Chỉ đạo là tổ chức phối hợp liên ngành, có chức năng giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, phối hợp giải quyết các công việc quan trọng, liên ngành liên quan đến triển khai xây dựng các trường phổ thông nội trú liên cấp tại các xã biên giới đất liền.
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ tham mưu, đề xuất với Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ các phương án, giải pháp và cách làm cụ thể, hiệu quả để hoàn thành mục tiêu đầu tư xây dựng 100 trường phổ thông nội trú liên cấp tại các tỉnh, thành phố biên giới đất liền trước ngày 30/8/2026.
Các trường này sẽ được xây dựng theo mô hình chuẩn, làm cơ sở để triển khai diện rộng, hướng tới mục tiêu đầu tư xây dựng tổng cộng 248 trường trong vòng 2 - 3 năm tới theo Thông báo kết luận số 81-TB/TW ngày 18/7/2025 của Bộ Chính trị về chủ trương đầu tư xây dựng trường học cho các xã biên giới và Nghị quyết số 298/NQ-CP ngày 26/9/2025 của Chính phủ ban hành Kế hoạch hành động thực hiện Thông báo này.
Bên cạnh đó, Ban Chỉ đạo có trách nhiệm chỉ đạo các bộ, cơ quan, địa phương phối hợp chặt chẽ, tập trung tháo gỡ kịp thời các khó khăn, vướng mắc trong quá trình triển khai, bảo đảm tiến độ, chất lượng và hiệu quả đầu tư.
Ban Chỉ đạo làm việc theo chế độ kiêm nhiệm, đề cao trách nhiệm cá nhân; thực hiện chức năng, nhiệm vụ theo Quy chế tổ chức và hoạt động do Trưởng Ban Chỉ đạo ban hành. Bộ Giáo dục và Đào tạo là cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo, có trách nhiệm xây dựng Quy chế tổ chức và hoạt động trình Trưởng Ban Chỉ đạo ký ban hành; sử dụng bộ máy hiện có để thực hiện nhiệm vụ, bảo đảm không tăng biên chế; kinh phí hoạt động được bố trí từ nguồn chi thường xuyên theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước và các quy định pháp luật liên quan.
Trong trường hợp cần thiết, Trưởng Ban Chỉ đạo sẽ xem xét, quyết định thành lập Tổ Tư vấn giúp việc Ban Chỉ đạo nhằm hỗ trợ triển khai các nhiệm vụ chuyên môn.

Thủ tướng Chính phủ Phạm Minh Chính đã ký ban hành Quyết định về việc thành lập Ban Chỉ đạo xây dựng trường học cho các xã biên giới nhằm tăng cường chỉ đạo, điều phối liên ngành, bảo đảm triển khai hiệu quả chủ trương đầu tư xây dựng hệ thống trường học tại các xã biên giới đất liền. 

