Theo quy hoạch chi tiết, Cảng biển TP.HCM gồm các khu bến: Cát Lái - Phú Hữu, sông Sài Gòn, Hiệp Phước, Nhà Bè, Long Bình, khu bến cảng trung chuyển quốc tế Cần Giờ, các bến cảng tiềm năng huyện Cần Giờ, các bến phao, khu neo đậu chờ, tránh, trú bão. 
Đến năm 2030 có từ 41 đến 44 bến cảng
Thứ trưởng Bộ Xây dựng Nguyễn Xuân Sang vừa ký ban hành Quyết định số 407/QĐ-BXD về việc phê duyệt quy hoạch chi tiết phát triển vùng đất, vùng nước cảng biển TP.HCM thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn 2050. Theo quy hoạch trên, Cảng biển TP.HCM gồm các khu bến: Cát Lái - Phú Hữu, sông Sài Gòn, Hiệp Phước, Nhà Bè, Long Bình, khu bến cảng trung chuyển quốc tế Cần Giờ, các bến cảng tiềm năng huyện Cần Giờ, các bến phao, khu neo đậu chờ, tránh, trú bão.
Mục tiêu đến năm 2030, cảng biển TP.HCM thông qua từ 228 triệu đến 253 triệu tấn hàng hóa (trong đó hàng container từ 11,41 triệu TEU đến 12,80 triệu TEU, chưa bao gồm hàng container trung chuyển quốc tế); hành khách từ 170,6 nghìn lượt khách đến 184,4 nghìn lượt khách. Kết cấu hạ tầng có tổng số từ 41 đến 44 bến cảng (từ 89 cầu cảng đến 94 cầu cảng) với tổng chiều dài từ 16.588,2 m đến 18.588,2 m (chưa bao gồm các bến cảng khác). Tầm nhìn đến năm 2050, tăng trưởng bình quân hàng hóa thông qua bình quân khoảng từ 3,5 %/năm đến 3,8 %/năm lượng hàng hóa; tăng trưởng lượng hàng khách từ 0,9 %/năm đến 1 %/năm.
Về kết cấu hạ tầng, tiếp tục đầu tư khu bến cảng trung chuyển quốc tế Cần Giờ để cùng với các bến cảng khu vực Cái Mép - Thị Vải hình thành cụm cảng trung chuyển quốc tế quy mô lớn có tầm cỡ khu vực châu Á và quốc tế; hoàn thành công tác di dời các bến cảng trên sông Sài Gòn phù hợp với phát triển không gian đô thị TP.HCM.
Để thực hiện mục tiêu trên, nội dung quy hoạch xác định cụ thể, chi tiết phạm vi, chức năng, cỡ tàu, quy mô, số cầu cảng, lượng hàng hóa đáp ứng thông qua… của từng khu bến, bến cảng thuộc quy hoạch. Trong đó đáng chú ý, quy hoạch khu bến cảng trung chuyển quốc tế Cần Giờ đến năm 2030 có tổng số từ 2 bến cảng đến 4 bến cảng, gồm từ 2 cầu cảng đến 4 cầu cảng, với tổng chiều dài từ 1.016 m đến 2.016 m; tiếp nhận tàu trọng tải đến 250.000 tấn (24.000 TEU) hoặc lớn hơn khi đủ điều kiện; đáp ứng nhu cầu thông qua hàng hóa từ 22,8 triệu tấn đến 57,6 triệu tấn (tương ứng từ 2,4 triệu TEU đến 4,8 triệu TEU), trong đó khối lượng hàng hóa xuất nhập khẩu của Việt Nam được xếp dỡ tại bến cảng không vượt quá từ 20% đến 25% tổng nhu cầu hàng hóa thông qua.
Còn các bến cảng tiềm năng tại huyện Cần Giờ (bên trái luồng Sài Gòn - Vũng Tàu, khu vực Bình Khánh, cửa sông Ngã Bảy và khu vực cù lao Gò Gia phù hợp với các quy định bảo tồn vùng dự trữ sinh quyển quốc gia) là các bến cảng phát triển có điều kiện trên cơ sở cân đối giữa nhu cầu hàng hóa thông qua và năng lực các bến cảng đã được quy hoạch.
Với các bến phao chuyển tải tại khu vực sông Sài Gòn, Nhà Bè, Đồng Nai giải tỏa trước tháng 7/2026. Các bến phao phục vụ Nhà máy công nghiệp tàu thủy Sài Gòn, nhà máy đóng tàu và công nghiệp Hàng hải Sài Gòn giải tỏa khi có quyết định tuyên bố phá sản của cấp có thẩm quyền. Các bến phao trên sông Soài Rạp, sông Gò Gia, sông Ngã Bảy, sông Dừa khai thác với quy mô và thời gian đã được chấp thuận thiết lập hoặc giải tỏa phù hợp với lộ trình đầu tư xây dựng các bến cảng thay thế và các quy hoạch có liên quan. Các khu neo chờ, tránh, trú bão tại sông Nhà Bè, Soài Rạp, Gò Gia, Thiềng Liềng - Ngã Bảy tiếp nhận tàu trọng tải đến 20.000 tấn và khu vực khác có đủ điều kiện.
Đối với quy hoạch phát triển kết cấu hạ tầng hàng hải công cộng, duy trì chuẩn tắc luồng hiện hữu, lộ trình đầu tư tùy thuộc vào khả năng bố trí, huy động nguồn lực. Trường hợp huy động nguồn xã hội hoá, cho phép đầu tư luồng hàng hải phù hợp với quy mô bến cảng theo quy hoạch. Triển khai kết nối đường bộ, đường sắt, đường thủy nội địa và ven biển theo quy hoạch được duyệt.
6 nhóm giải pháp thực hiện quy hoạch
Cũng theo quyết định phê duyệt quy hoạch, tổng nhu cầu sử dụng đất theo quy hoạch đến năm 2030 cho Cảng biển TP.HCM khoảng 1.567 ha (chưa bao gồm các khu vực phát triển các khu công nghiệp, logistics... gắn liền với cảng). Tổng nhu cầu sử dụng mặt nước theo quy hoạch đến năm 2030 khoảng 43.400 ha (đã bao gồm diện tích vùng nước khác trong phạm vi quản lý không bố trí công trình hàng hải).
Về nhu cầu vốn đầu tư hệ thống cảng biển TP.HCM, đến năm 2030 cần khoảng 77.452 tỷ đồng, gồm vốn đầu tư cho hạ tầng hàng hải công cộng khoảng 2.952 tỷ đồng và nhu cầu vốn đầu tư cho bến cảng khoảng 74.500 tỷ đồng (chỉ bao gồm các bến cảng kinh doanh dịch vụ xếp dỡ hàng hóa).
Các dự án được ưu tiên đầu tư, gồm đầu tư luồng cho tàu trọng tải đến 250.000 tấn vào bến cảng trung chuyển quốc tế Cần Giờ đồng bộ với quy mô các bến cảng. Đầu tư kết cấu hạ tầng công cộng phục vụ công tác bảo đảm an toàn hàng hải, như: Khu neo chờ, tránh, trú bão, cơ sở vật chất phục vụ nhiệm vụ quản lý nhà nước chuyên ngành. Dự án đầu tư bến cảng trung chuyển quốc tế Cần Giờ, các bến cảng khách du lịch, bến khách quốc tế và các bến du thuyền gắn với các vùng động lực phát triển du lịch.
Để hiện thực hóa quy hoạch trên, quyết định đưa ra 6 nhóm giải pháp về: Cơ chế, chính sách; huy động vốn đầu tư; Môi trường, khoa học và công nghệ; Phát triển nguồn nhân lực; Hợp tác quốc tế; Tổ chức thực hiện và giám sát thực hiện quy hoạch.
Bộ Xây dựng giao Cục Hàng hải và Đường thủy Việt Nam chủ trì, phối hợp với Sở, ban, ngành của TP.HCM: Công bố, kiểm tra, giám sát quy hoạch và thực hiện chức năng quản lý chuyên ngành hàng hải tại cảng biển TP.HCM theo thẩm quyền; tham mưu cho Bộ Xây dựng hoặc xử lý theo thẩm quyền nội dung có liên quan về dự án xây dựng mới, cải tạo, nâng cấp, mở rộng cầu cảng, bến cảng, giao thông kết nối.
UBND TP.HCM chỉ đạo việc cập nhật các quy hoạch của địa phương phù hợp quy hoạch chi tiết cảng biển được duyệt; quản lý, bố trí quỹ đất theo quy định của pháp luật về đất đai đảm bảo phát triển đồng bộ cảng và hạ tầng kết nối với cảng, khu dịch vụ hậu cảng, dịch vụ hàng hải đảm bảo điều kiện hoạt động thuận lợi cho các cầu, bến cảng. Chỉ đạo cơ quan chức năng phối hợp chặt chẽ với Cục Hàng hải và Đường thủy Việt Nam trong quá trình xây dựng, điều chỉnh các quy hoạch, kế hoạch, các dự án trên địa bàn địa phương bảo đảm thống nhất, đồng bộ với quy hoạch cảng biển và các định hướng phát triển giao thông kết nối cảng biển trong quy hoạch.
